Konjenital toksoplazmoz gebeliğin ilk üç ayında kapıldığında
prognoz kötüdür. Hastalığa yakalanan çocuklar, bebeklik döneminde ölürler ya da fiziksel ve zihinsel geriliğe yol açabilecek merkezi sinir sistemi hasarları yaşarlar. Gebeliğin ilerleyen dönemlerinde meydana gelen enfeksiyon ise genellikle hafif semptomlarla sonuçlanır, hatta hiç semptom görülmeyebilir. Bağışıklık sistemi güçlü yetişkinlerde
edinilmiş toksoplazmozun prognozu mükemmeldir. Hastalık genellikle birkaç hafta sonra kendiliğinden geçer. Ancak, bağışıklık yetersizliği olan hastalar için prognoz o kadar olumlu değildir. Bu hastalar, tedavi kesildiğinde sıklıkla nükseder. Hastalık, tüm
bağışıklık sistemi zayıflamış hastalar, özellikle AiDS hastaları için, özellikle de tedavi edilmezse
ölümcül olabilir. Sonuç olarak, bağışıklık sistemi zayıflamış hastalar genellikle ömür boyu toksoplazmoz ilaçları kullanır.