MHC-1 antijenleri; vücutta tüm çekirdekli hücrelerin zarında bulunurlar.
MHC-2 antijenleri; özellikle B lenfositleri, makrofaj, dentritik hücre, endotel hücreleri ve bazı aktif T hücrelerinde bulunurlar.
MHC-3 antijenleri;
MHC-1 ve
MHC-2 antijenleri arasındaki bölgede bulunurlar. Klasik kompleman yolunun C2, C4a ve C4b, alternatif yolun properdin faktörü ile 21-hidroksilaz gibi enzimler ve TNF gibi sitokinlerin sentez edildiği bölgedir. Bu antijenlerin immün sistemde önemli fonksiyonları olmasına karşın transplantasyon için önemi gösterilememiştir.
