iki cinsiyette farklı olan ve cinsiyet belirlemesinde rol oynayan kromozom çiftlerinden biri

Karyotipte cinsiyet kromozomu haricinde kalan tüm kromozomlara otozom denir.

Memeliler gibi çoğu organizmada, dişi iki özdeş X kromozomu içerir ve homogametik cinsiyet iken, erkek bir X ve bir Y kromozomu içerir ve heterogametik cinsiyettir. Kuşlar, kelebekler ve güveler, bazı balıklar ve belirli bitkilerde ise iki cinsiyette durum tam tersidir. Cinsiyet kromozomlarında bulunan genler, cinsiyet bağlantısı gösterdiği şeklinde tanımlanır.

Dişinin cinsiyet kromozomları XX, erkeğin ise XY şeklindedir.