Kuluçka süresi 2-14 gün, sıklıkla 2-6 gündür. Bu süre bazı tıbbi nedenlerle bağışıklık sistemleri etkilenmiş kişilerde daha uzun olabilir.
Virüsle enfekte olmuş insanların çoğunda yüzde 70-80 hiçbir belirti görülmez.
Bazı kişilerde ateşli bir hastalık tablosu gelişir. Virüsü almış yaklaşık her 5 kişiden 1'inde ateşle beraber ishal, kusma, eklem ağrıları, baş ağrısı, vücut ağrıları veya döküntü gibi diğer belirtiler gelişebilir. Çoğu kişi bu tip
Batı Nil Ateşi hastalığından tamamen kurtulur ancak yorgunluk ve halsizlik haftalar veya aylarca devam edebilir.
Az sayıda kişide şiddetli belirtiler olabilir. Virüs bulaşmış kişilerin %1'inden azında
ensefalit (beyin iltihabı) veya
menenjit gibi ciddi bir nörolojik hastalık gelişir. Nörolojik hastalık belirtileri; baş ağrısı, yüksek ateş,
ense sertliği,
oryantasyon bozukluğu,
koma, titremeler,
nöbetler veya felçtir. Bu ağır hastalıktan kurtulmak birkaç hafta veya aylar sürebilir. Bazı nörolojik hasarlar kalıcı olabilir.
BNV yüzünden nörolojik tablo meydana gelen hastaların %10'u ölür.