Normalde, fetal karaciğer ve yolk sac tarafından oluşturulan onkofetal bir proteindir. Yaşamın ilk üç ayında bulunan başlıca serum proteinidir. 1 yaşına kadar çok düşük seviyelere geriler.

Hepatoselüler kanserli hastaların %90’ında AFP yüksektir. Hepatoselüler karsinomlarda prognozun ve tedavinin etkinliğinin takibinde değerlidir.

Germ hücreli (nonseminomlar) karsinomlarda kullanılan tümör belirtecidir. AFP, hepatoselüler karsinomalı hastaların %70’nde, nonseminomatöz testiküler karsinomaların %70’nde yükselmiştir. Nonseminomatöz testiküler karsinomalarda, tümör rekürrensi AFP yüksekliği ile beraberdir. Germ hücreli karsinomların sınıflandırılması ve derecelendirilmesinde hCG ile birlikte kullanılır.

Gebelik sırasında maternal AFP düzeyinin ölçümü de önemlidir.

Fetüs karaciğerin yapılan, fetal plazma proteinlerinin büyük kısmını oluşturan ve doğumdan sonra anne serumunda bulunmayan bir proteindir. Gebelikte amnino sıvısında ve anne kanına yüksek seviyelerde bulunması fetal malformasyonu gösterir. Erişkin serumunda yüksek düzeyde bulunması hepatosellüler karsinoma ve teratokarsinoma gibi malign olayları, siroz, viral hepatit gibi daha benign hastalıkları düşündürmelidir.